COVID 19 : Les 7 souches coronavirus qui infectent les humains

Les scientifiques connaissent désormais des dizaines de souches, dont sept infectent l'homme. Parmi les quatre causes de rhume, deux (OC43 et HKU1) provenaient de rongeurs et les deux autres (229E et NL63) de chauves-souris. Les trois causes de maladie grave - le SRAS-CoV (la cause du SRAS), le syndrome respiratoire du Moyen-Orient MERS-CoV et le SRAS-CoV-2.

Les scientifiques connaissent désormais des dizaines de souches, dont sept infectent l’homme. Parmi les quatre causes de rhume, deux (OC43 et HKU1) provenaient de rongeurs et les deux autres (229E et NL63) de chauves-souris. Les trois causes de maladie grave – le SRAS-CoV (la cause du SRAS), le syndrome respiratoire du Moyen-Orient MERS-CoV et le SRAS-CoV-2.


Le coronavirus humain OC43 (sigle HCoV-OC43) est un membre de l’espèce Betacoronavirus 1, dans le genre Betacoronavirus, qui infecte les humains et les bovins. Son ancêtre pourrait être un coronavirus « bovin » ayant par mutation acquis une aptitude à infecter l’Homme, et d’après les études d’horloge moléculaire cette émergence serait relativement récente, leur ancêtre commun le plus récent étant daté de 1890 environ.

Quatre génotypes de HCoV-OC43 (A à D) ont été identifiés, dont le génotype D qui provient très probablement d’une recombinaison génétique. Le génome des coronavirus est d’environ 30 kb (ex : 30 738 nucléotides de la souche prototype HCoV-OC43 (ATCC VR759).

Avec HCoV-229E, une espèce du genre Alphacoronavirus, HCoV-OC43 est parmi les virus connus qui sont responsables du rhume commun. Les deux virus peuvent provoquer de graves infections des voies respiratoires inférieures, notamment une pneumonie chez les nourrissons, les personnes âgées et les personnes immunodéprimées telles que celles qui subissent une chimiothérapie et celles atteintes du VIH-sida

HCoV-OC43

espèce de coronavirus qui infecte les humains et les chauves-souris. Il s’agit d’un virus à ARN simple brin enveloppé, de sens positif, qui pénètre dans sa cellule hôte en se liant au récepteur APN. Avec le coronavirus humain OC43 (HCoV-OC43), il est l’un des virus responsables du rhume. L’espèce appartient au genre Alphacoronavirus et au sous-genre Duvinacovirus. Les rhumes sont la plupart du temps bénin, mais des complications respiratoires graves peuvent survenir chez les personnes âgées ou atteintes d’une maladie chronique.


Le coronavirus humain HKU1 (nom scientifique Human coronavirus HKU1, acronyme HCoV-HKU1) est une espèce de coronavirus provenant de souris infectées. Chez l’homme, l’infection entraîne une maladie des voies respiratoires supérieures avec des symptômes du rhume, mais peut évoluer vers une pneumonie et une bronchiolite. Il a été découvert pour la première fois en janvier 2005 chez deux patients à Hong Kong. Des recherches ultérieures ont révélé qu’il avait une distribution mondiale et une genèse antérieure.

Il s’agit d’un virus à ARN simple brin enveloppé, de sens positif, qui pénètre dans sa cellule hôte en se liant au récepteur de l’acide N-acétyl-9-O-acétylneuraminique. Il possède le gène de l’hémagglutinine estérase (HE), qui le distingue en tant que membre du genre Betacoronavirus et du sous-genre Embecovirus.


Le coronavirus humain NL63 (nom scientifique Human coronavirus NL63, acronyme HCoV-NL63) est une espèce de coronavirus qui a été identifiée fin 2004 chez un enfant de sept mois atteint de bronchiolite aux Pays-Bas. Il s’agit d’un virus à ARN simple brin enveloppé, de sens positif, qui pénètre dans sa cellule hôte par le récepteur ACE2. L’infection par le virus a été confirmée dans le monde entier et est associée à de nombreux symptômes et maladies courants. Les maladies associées comprennent des infections légères à modérées des voies respiratoires supérieures, une infection aiguë sévère des voies respiratoires inférieures, un croup et la bronchiolite.

Le virus se rencontre principalement chez les jeunes enfants, les personnes âgées et les patients immunodéprimés souffrant d’une maladie respiratoire aiguë. Il a également une association saisonnière dans les climats tempérés. Une étude réalisée à Amsterdam a estimé la présence de HCoV-NL63 dans environ 4,7% des maladies respiratoires courantes.


Le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient ou MERS-CoV (acronyme anglais de Middle East respiratory syndrome-related coronavirus, anciennement 2012-nCoV ou nCoV pour novel coronavirus) est le nom d’un variant de coronavirus hautement pathogène découvert en 2012 au Moyen-Orient, provoquant en particulier un symptôme de pneumonie aiguë, le syndrome respiratoire du Moyen-Orient.

Virions de virus MERS-CoV vus par un microscope en transmission en coloration négative.

Le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère ou SARS-CoV (parfois SARS-CoV-1 pour bien le différencier du SARS-CoV-2 apparu en 2019), est le coronavirus responsable de l’épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) qui a sévi de 2002 à 2004. C’est une souche de l’espèce de coronavirus SARSr-CoV. Cet agent infectieux serait apparu en novembre 2002 dans la province du Guangdong, en Chine. Entre le 1er novembre 2002 et le 31 août 2003, le virus aurait infecté 8 096 personnes dans une trentaine de pays, causant 774 décès, essentiellement en Chine, à Hong Kong, à Taïwan, et en Asie du Sud-Est.

Il s’agit d’un virus à ARN monocaténaire de polarité positive (groupe IV de la classification Baltimore) appartenant au genre des Betacoronavirus. Ce virus enveloppé présente un génome long d’environ 29,7 kilobases, ce qui est l’un des plus grands génomes parmi les virus à ARN. On y a identifié 13 gènes codant 14 protéines. La région 5′-UTR compte 265 nucléotides tandis que la région 3′-UTR en compte 342. Comme pour d’autres coronavirus, l’expression de ce génome commence par la transcription de deux grands cadres de lecture ouverts (ORF), notés 1a et 1b, qui sont tous les deux traduits en polyprotéines.

Virions de virus SARS-CoV vus par microscopie électronique à balayage.

qrscience

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