COVID 19 : Modèles structurels 3D et une annotation de fonction pour toutes les protéines codées par le génome du SARS-CoV-2

Le génome du nouveau coronavirus compte moins de 30 000 «lettres». (Le génome humain est supérieur à 3 milliards.) Les scientifiques ont identifié des gènes pour pas moins de 29 protéines, qui effectuent une gamme d’emplois allant de la copie du coronavirus à la suppression des réponses immunitaires du corps.



Une chaîne d’ARN

Les virus doivent détourner les cellules vivantes pour se répliquer et se propager. Lorsque le coronavirus trouve une cellule appropriée, il injecte un brin d’ARN contenant tout le génome du coronavirus.

Le génome du nouveau coronavirus compte moins de 30 000 «lettres». (Le génome humain est supérieur à 3 milliards.) Les scientifiques ont identifié des gènes pour pas moins de 29 protéines, qui effectuent une gamme d’emplois allant de la copie du coronavirus à la suppression des réponses immunitaires du corps.

La première séquence de lettres d’ARN se lit comme suit:

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Inhibe la traduction de l’hôte en interagissant avec la sous-unité ribosomale 40S. Le complexe ribosomique nsp1-40S induit en outre un clivage endonucléolytique près du 5’UTR des ARNm de l’hôte, les ciblant pour la dégradation. Les ARNm viraux ne sont pas sensibles au clivage de l’ARN endonucléolytique médié par nsp1 grâce à la présence d’une séquence leader 5 ‘et sont donc protégés de la dégradation. En supprimant l’expression du gène de l’hôte, nsp1 facilite l’expression du gène viral efficace dans les cellules infectées et l’évasion de la réponse immunitaire de l’hôte.

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Protéine non structurelle 2 (nsp2).


Peut jouer un rôle dans la modulation de la voie de signalisation de la survie de la cellule hôte en interagissant avec l’hôte PHB et PHB2. En effet, ces deux protéines jouent un rôle dans le maintien de l’intégrité fonctionnelle des mitochondries et la protection des cellules contre divers stress.

Protéine NSP2

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Protéine non structurelle 4 (nsp4).


Participe à l’assemblage des vésicules cytoplasmiques à double membrane induites par le virus nécessaires à la réplication virale.

Protéine NSP4

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Protéine non structurelle 6 (nsp6)


Joue un rôle dans l’induction initiale des autophagosomes à partir du réticulum de l’hôte endoplasmique. Plus tard, limite l’expansion de ces phagosomes qui ne sont plus capables de fournir des composants viraux aux lysosomes.

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Protéine non structurelle 7.


Forme un hexadécamère avec nsp8 (8 sous-unités de chaque) qui peut participer à la réplication virale en agissant comme une primase. En variante, peut synthétiser des produits sensiblement plus longs que les amorces oligonucléotidiques.

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Protéine non structurelle 8 (nsp8).


Forme un hexadécamère avec nsp7 (8 sous-unités de chaque) qui peut participer à la réplication virale en agissant comme une primase. En variante, peut synthétiser des produits sensiblement plus longs que les amorces oligonucléotidiques.

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